2020年式CX-3自先前的4車型設定，改採2車型編成，主要是取消入門Sky-G尊榮型，以及頂規柴油Sky-D旗艦型，僅提供Sky-G頂級型、Sky-G旗艦型2種選擇，前者維持84.9萬元之售價，後者則小漲1萬，來到89.9萬元。

配備方面，全車系增配Apple CarPlay、Android Auto方便的智慧型手機連結功能，原先僅頂規柴油Sky-D旗艦型標配的BOSE音響，亦於新年式成為Sky-G旗艦型的標準配備，此外，可選車色縮減為晶瓷白、星燦藍、晶艷魂動紅（+1.5萬）與鋼鐵灰（+1萬元），新年式預計可自8月中開始交車。